臺(tái)式高通量基因組測(cè)序儀承諾將基因組學(xué)普及到大眾，但對(duì)非專業(yè)測(cè)序技術(shù)人員而言，卻無(wú)法分辨這些承諾是不是激烈的行業(yè)競(jìng)爭(zhēng)中過(guò)頭的宣傳手段。據(jù)《自然》網(wǎng)站4月22日?qǐng)?bào)道，英國(guó)伯明翰大學(xué)、衛(wèi)生保護(hù)局等機(jī)構(gòu)研究人員組成的一個(gè)研究小組對(duì)目前市場(chǎng)上3種主要的基因組測(cè)序儀進(jìn)行了調(diào)查，用分離的埃希氏菌對(duì)它們的組測(cè)序性能進(jìn)行了對(duì)比分析。研究結(jié)果發(fā)表在當(dāng)日的《自然·生物技術(shù)》上。
目前市場(chǎng)上有3種主要的高通量基因組測(cè)序儀：羅氏公司的454 GS Junior、Illumina公司的MiSeq和生命技術(shù)公司的PGM測(cè)序儀，它們的安裝和運(yùn)行成本都在適中范圍，都能滿足繪制**基因組序列草圖的需求，作為醫(yī)療設(shè)備用來(lái)鑒定和識(shí)別病原體具有很大優(yōu)勢(shì)。
對(duì)比檢測(cè)顯示，這3種測(cè)序平臺(tái)各有優(yōu)劣。如果想要每小時(shí)檢測(cè)總流量大，PGM是優(yōu)選，達(dá)到80Mb/小時(shí)—100Mb/小時(shí)；如果想要每次檢測(cè)流量大，當(dāng)屬M(fèi)iSeq，達(dá)到1.6Gb，每小時(shí)60Mb，同時(shí)它的**度也是高的；如果看誰(shuí)一次讀取序列長(zhǎng)，連續(xù)性好，則454GS Junior奪冠，達(dá)到600個(gè)堿基，但它流量低，每次檢測(cè)僅為70Mb，每小時(shí)9Mb。PGM和454 GS Junior在檢測(cè)同聚物的精度方面略遜一籌（插入缺失誤差分別為每100個(gè)堿基1.5和0.38）。在成本因素方面，研究人員指出，只看價(jià)格并非萬(wàn)全之策。
去年夏天，埃希氏菌在德國(guó)奪去了40多人的生命。該研究作者之一、英國(guó)伯明翰大學(xué)生物信息專家尼古拉斯·羅曼介紹說(shuō)，下一代基因組測(cè)序即將進(jìn)入醫(yī)務(wù)室和公共健康領(lǐng)域，服務(wù)對(duì)象是那些非專業(yè)人士。人們不得不依賴市場(chǎng)信息和公司博客發(fā)布才能獲得一些比較信息，在激烈的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)中，這些有關(guān)性能分析的信息非常有用，但也非常難得。此外，他們的報(bào)告也揭示了當(dāng)前基因微生物診斷學(xué)方面的情況。羅曼還說(shuō)，他們力圖把檢測(cè)中的兩大誤差源結(jié)合起來(lái)，這兩個(gè)主要誤差源是核苷酸替換（此時(shí)測(cè)序儀讀的是不正確的堿基）和同聚物插入缺失（插入并探測(cè)不正確的序列數(shù)據(jù)）。同聚體區(qū)段誤差屬于系統(tǒng)誤差，即使對(duì)樣本多次檢測(cè)，誤差依然存在。如果竭力追求從檢測(cè)結(jié)果中排除儀器誤差是非常困難的，反而會(huì)遏制了公眾衛(wèi)生領(lǐng)域的**基因組分析能力。
doi:10.1038/nbt.2198PMC:PMID:
Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms
Nicholas J Loman, Raju V Misra, Timothy J Dallman, Chrystala Constantinidou, Saheer E Gharbia, John Wain & Mark J PALLen
Three benchtop high-throughput sequencing instruments are now available. The 454 GS Junior (Roche), MiSeq (Illumina) and Ion Torrent PGM (Life Technologies) are laser-printer sized and offer modest set-up and running costs. Each instrument can generate data required for a draft bacterial genome sequence in days, making them attractive for identifying and characterizing pathogens in the clinical setting. We compared the performance of these instruments by sequencing an isolate of Escherichia coli O104:H4, which caused an outbreak of food poisoning in Germany in 2011. The MiSeq had the highest throughput per run (1.6 Gb/run, 60 Mb/h) and lowest error rates. The 454 GS Junior generated the longest reads (up to 600 bases) and most contiguous assemblies but had the lowest throughput (70 Mb/run, 9 Mb/h). Run in 100-bp mode, the Ion Torrent PGM had the highest throughput (80–100 Mb/h). Unlike the MiSeq, the Ion Torrent PGM and 454 GS Junior both produced homopolymer-associated indel errors (1.5 and 0.38 errors per 100 bases, respectively).
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